Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
denovo-long [2018/02/16 07:19]
telatina
denovo-long [2018/02/16 07:20] (current)
telatina [Effect of coverage]
Line 2: Line 2:
  
 ==== Effect of coverage ==== ==== Effect of coverage ====
-To check the effect of **coverage** on the assembly results, we can subsample the input dataset:+To check the effect of **coverage** on the assembly results, we can subsample the input dataset ​(12k reads total, 6kb average length):
 <code bash> <code bash>
 seqkit sample -n 5000 minion_2d.fq > minion_2d_5000.fq seqkit sample -n 5000 minion_2d.fq > minion_2d_5000.fq
Line 11: Line 11:
 <​code>​ <​code>​
 file                             ​format ​ type  num_seqs ​   sum_len ​   min_len ​   avg_len ​   max_len ​ sum_gap ​       N50  L50 file                             ​format ​ type  num_seqs ​   sum_len ​   min_len ​   avg_len ​   max_len ​ sum_gap ​       N50  L50
-canu.full/​nanoraw.contigs.fasta ​ FASTA   ​DNA ​         1  4,​507,​919 ​ 4,​507,​919 ​ 4,​507,​919 ​ 4,​507,​919 ​       0  4,​507,​919 ​   1+canu.12k/​nanoraw.contigs.fasta ​ FASTA   ​DNA ​         1  4,​507,​919 ​ 4,​507,​919 ​ 4,​507,​919 ​ 4,​507,​919 ​       0  4,​507,​919 ​   1
 canu.10k/​nanoraw.contigs.fasta ​  ​FASTA ​  ​DNA ​         9  4,​461,​878 ​     2,034  495,​764.2 ​ 1,​136,​406 ​       0  1,​116,​796 ​   2 canu.10k/​nanoraw.contigs.fasta ​  ​FASTA ​  ​DNA ​         9  4,​461,​878 ​     2,034  495,​764.2 ​ 1,​136,​406 ​       0  1,​116,​796 ​   2
 canu.7k/​nanoraw.contigs.fasta ​   FASTA   ​DNA ​        ​39 ​ 4,​412,​109 ​     1,527    113,​131 ​   568,​484 ​       0    228,​632 ​   7 canu.7k/​nanoraw.contigs.fasta ​   FASTA   ​DNA ​        ​39 ​ 4,​412,​109 ​     1,527    113,​131 ​   568,​484 ​       0    228,​632 ​   7
 canu.5k/​nanoraw.contigs.fasta ​   FASTA   ​DNA ​        ​83 ​ 2,​856,​834 ​     6,086   ​34,​419.7 ​   145,​036 ​       0     ​45,​128 ​  22 canu.5k/​nanoraw.contigs.fasta ​   FASTA   ​DNA ​        ​83 ​ 2,​856,​834 ​     6,086   ​34,​419.7 ​   145,​036 ​       0     ​45,​128 ​  22
 </​code>​ </​code>​